ساختار اصلي پايان نامه در هفت فصل شکل گرفته که بر اساس آن مي توان آيات تمثيلي را دسته بندي نمود. در فصل اول امثال قرآن در بعد اعتقادي به اين شکل ذکر شده است ابتدا آياتي که بيانگر توحيد است مثل آيه ‎۲۴ سوره ابراهيم که توحيد را کلمه طيبه قلمداد مي کند و آن را به درختي پاکيزه مثال مي زند و در مرحله بعد آياتي ذکر شده است که ناتواني معبودان باطل را مجسم مي کند و معبودان باطل را به بردگاني مثل مي زند که مالک هيچ چيز نيست و يا معبودان باطل را به گنگي مادرزاد مثل مي زند که قادر بر هيچ کاري نيست و همين ناتواني را در قالب مثالي ديگر مي آورد که معبودان باطل نمي توانند حتي مگسي بيافرينند و هر گاه مگس چيزي از آنها بربايد نمي توانند آن را باز پس گيرند. پس از آن آيه اي در نفي خداوندي عيسي مورد بحث قرار گرفته و نفي شريک براي خدا از ديگر آياتي است که قرآن کريم با تمثيل آن را روشن ساخته است که معبودان باطل را در چهره مملوک و برده اي ترسيم نموده است که اختيار تصرف مستقل و بدون اجازه از مولاي خويش را نداشته و نتيجه مي گيرد که مخلوقات که ملک خدا هستند نمي توانند آن را به عنوان شريک قلمداد کرد. در محله بعد توسل به غير خدا ذکر شده و نيز سست بنيادي معبود مشرکان که به خانه عنکبوت مثال زده شده است پس از اين مرحله شناخت آثار شرک و توحيد با توجه به آيات تمثيلي مورد بحث قرار گرفته است که تحت عنوان الف: اضطراب مشرکان، ب: مشرکان و نداشتن تکيه گاه محکم، {: ارامش موحدان با توجه به ايات مرتبط با آن توضيح داده شده است سپس نور الهي که در سوره نور آمده با توجه به مفاد آن که همان هدايت الهي است توضيح داده شده است. در ادامه مومنان و کافران عنوان بعدي است که حقيقت هر يک با اين دو با مثالي که در سوره انعام و فاطر و هود آمده مشخص شده است و در همين راستا مثال قلهاي مومن و کافر ذکر شده و بالاخره و اعمال کافران، سراب بودن اعمال کافران، تاريکي اعمال کافران مورد دقت قرار گرفته استو اين در حالي است که پس از هر يک از آيات و اهداف هر يک از آيات تمثيلي مربوط به آن ذکر شده است. دومين بخش اعتقادي مسئله نبوت است که در قالب مثالهايي زيبا توضيح داده شده که از آنجمله( پيامبري در مثالهاي قرآن) مي باشد و از آنجا که قرآن معجزه جاوداني پيامبر خاتم حضرت محمد(ص) است و براي آن در قرآن مثالي ذکر شده است که به آن پرداخته ايم. سومين بخش اعتقادات(معاد) است که در قالب مثالي بيان شده است و در همين بخش نمونه هايي از معاد امکان معاد نيز آمده است. از آنجا که بهشت و جهنم در ارتباط با معاد قرار مي گيرد مثالهاي آن مورد بررسي قرار گرفته است پس از فصل اعتقادات فصل دوم که مثالهاي قرآن در بعد اخلاقي است آغاز مي شود که در اين زمينه مثال اخلاص در انفاق ريا کفران نعمت دنيا پرستي ناپايداري زندگي دنيا عهد شکني عالمان بي عمل قساوت قلب غيبت و تجسس و در نهايت مسئله انفاق با تمثيلهاي زيبايي مورد بررسي قرار گرفته است. فصل سوم به امثال قرآن در بعد اجتماعي اختصاص يافته که در آن حق و باطل را به آب و کفهاي روي آب مثال زده و به مسئله سقوط و هلاکت امتها و نيز مسئله نفاق که از خطرات عمده اجتماعي است پرداخته است. فصل چهارم را مثال قرآني در بعد سياسي تشکيل مي دهد که به مسئله استقلال با توجه به سوره فتح آيه ‎۲۹ تفسير و توضيح داده شده است. فصل پنجم آسيب شناسي و موانع کمال مي باشد که شيطان و منافقين بهعنوان دو مانع با توجه به آيات تمثيلي بيان شده است. يکي از عماملي که نقش مهمي در حرکت انسانها دارد اسوه ها و الگوها است که در فصل ششم با توجه به آيات تمثيلي در ارتباط با الگوها مريم و آسيه الگوي مومنان و همسر لوط و همسر نوح الگوي کافران با توجه به سوره تحريم ايات ‎۱۰ و ‎۱۱ و ‎۱۲ بيان شده است و در فصل هفتم به نتيجه گيري و اهداف کلي و مشترک آيات تمثيلي پرداخته ايم.